莲塘海关

机构设置：办公室、人事政工科、综合保障科、处置科、查验一科、查验二科、查验三科、查验四科、旅检一科、旅检二科、旅检三科、旅检四科、旅检五科、旅检六科、综合业务科、监控科、场所监管一科、场所监管二科。

大鹏海关

机构设置：办公室、人事政工科、综合保障科、法规科、船舶监管一科、船舶监管二科、查验一科、查验二科、查验三科、查验四科、处置科、综合业务科、监控科、场所监管科

蛇口海关

机构设置：办公室、人事政工科、综合保障科、法规科、船舶监管一科、船舶监管二科、查验一科、查验二科、查验三科、查验四科、查验五科、旅检一科、旅检二科、旅检三科、旅检四科、前海综合保税区监管一科、前海综合保税区监管二科、前海综合保税区监管三科、处置一科、处置二科、综合业务科、旅检综合业务科、监控科、场所监管科

沙头角海关

机构设置：办公室、人事政工科、综合保障科、查验一科、查验二科、查验三科、查验四科、查验五科、查验六科、旅检一科、旅检二科、旅检三科、旅检四科、中英街旅检一科、中英街旅检二科、中英街旅检三科、中英街旅检四科、处置科、综合业务科、监控科、场所监管科

文锦渡海关

罗湖海关

机构设置：办公室、人事政工科、综合保障科、法规科、监管科、旅检一科、旅检二科、旅检三科、旅检四科、旅检五科、旅检六科、旅检七科、旅检八科、旅检九科、旅检十科、旅检十一科、旅检十二科、旅检十三科、旅检十四科、旅检十五科、旅检十六科、旅检十七科、处置科、综合业务科、监控一科、监控二科、监控三科、场所监管科

深圳湾海关

深圳宝安机场海关

机构设置：办公室、人事政工科、综合保障科、法规科、物流园监管一科、物流园监管二科、值机业务科、场所监管科、旅检一科、旅检二科、旅检三科、旅检四科、旅检五科、旅检六科、旅检七科、旅检八科、保税监管科、处置一科、处置二科、综合业务科、监控科、福永码头旅检一科、福永码头旅检二科、福永码头旅检三科